La electroforesis es una de las herramientas más utilizadas en biología molecular. Se usa para separar el ácido nucleico. La electroporación es el proceso por el cual el ácido nucleico se separa según el tamaño. En electroforesis, se usa un gel. Los pozos se fabrican en el gel en el que se cargan las muestras de ácido nucleico. La corriente eléctrica se pasa y se basa en el tamaño que el ácido nucleico se mueve en el gel. Ayuda a cuantificar, separar y purificar el ácido nucleico.
Agarosa vs Poliacrilamida
La principal diferencia entre la agarosa y la poliacrilamida es que la agarosa se usa para separar grandes fragmentos de ADN, pero el gel de poliacrilamida se usa para separar proteínas más cortas y fragmentos de ácido nucleico. La agarosa se vierte horizontalmente mientras que la poliacrilamida se vierte verticalmente. La agarosa se puede calentar y verter horizontalmente, pero se rompe fácilmente, por lo que debe manejarse con cuidado.
El gel de agarosa se usa más comúnmente para ejecutar electroforesis. Dado que ayuda a separar el ácido nucleico en función del tamaño, se utiliza para identificar la muestra desconocida de ADN o ARN. Aquí, se usa una escalera de tamaño conocido y se compara la banda de nucleico desconocido con la escalera y se identifica el tamaño.
La electroforesis en gel de poliacrilamida se llama PÁGINA. Se usa comúnmente para separar proteínas en función de su tamaño. Esta electroforesis funciona según el principio de que la muestra de proteína cargada o ácido nucleico migra a través del gel cuando se proporciona un campo eléctrico. Dado que la movilidad de una molécula biológica cambia según el tamaño y la carga. La muestra utilizada debe tratarse para alcanzar una carga uniforme para que la movilidad dependa básicamente del tamaño.
Tabla de comparación entre agarosa y poliacrilamida
Parámetros de comparación Garosa cuantifíquelo Posición de vertido de gel Posición horizontal Posición vertical Tinte Bromuro de etidio Azul de bromofenol Reutilización La agarosa se puede derretir y reutilizar Normalmente no se reutiliza
¿Qué es la agarosa?
La agarosa es una biomolécula que se usa para crear un gel que es una matriz tridimensional con poros y canales. La matriz tridimensional se mantiene unida por enlaces de hidrógeno. Como hay enlaces de hidrógeno, la estructura de la matriz se puede desnaturalizar fácilmente mediante calentamiento. Las biomoléculas de muestra se mueven a través de los poros.
La temperatura de fusión del agar es de 85-95 grados Celsius y la temperatura de gelificación es de 35-42 grados Celsius. El gel de agarosa se hace mezclando agarosa con agua y derritiéndolo. Luego se vierte horizontalmente en un molde en el que se coloca un peine. La agarosa se enfría y forma un gel. El peine deja un pozo en el que se puede cargar la muestra.
El gel de agarosa de baja concentración es propenso a romperse. Por lo tanto, debe manejarse con cuidado. La agarosa se puede usar para separar el ADN y el ARN. Los poros en el gel de agarosa son mucho más grandes para que ingrese un bacteriófago. La agarosa es un polímero con grupos de piruvato y sulfato. Dado que estos grupos tienen una carga negativa, provoca el flujo de agua en dirección opuesta a la del movimiento del ADN.
El bromuro de etidio colorante se usa para teñir el ADN, lo que cambia el tamaño y la carga de la muestra. Se vierte una solución tampón en la configuración y se pasa la corriente, lo que hace que la muestra se mueva a través del gel de agarosa y forme bandas.
¿Qué es la poliacrilamida?
La poliacrilamida es un polímero lineal sintético compuesto de acrilamida y ácido acrílico. La poliacrilamida absorbe el agua activamente y forma un gel suave. Es uno de los geles utilizados en la electroforesis. La proteína y el ácido nucleico se pueden cuantificar en gel de poliacrilamida en función de su movilidad electroforética.
El gel de poliacrilamida hecho por hidratación por acrilamida es bueno ya que el tamaño de poro puede regularse dependiendo de la hidratación. El gel con un tamaño de poro pequeño es efectivo para examinar moléculas de menor tamaño. Las moléculas más grandes no pueden moverse a través de poros pequeños y quedar atrapadas mientras las moléculas más pequeñas se mueven fácilmente a través de poros y forman bandas.
El gel de poliacrilamida es principalmente famoso en el experimento SDS PAGE. SDS PAGE se expande como electroforesis en gel de dodecilsulfato de sodio-poliacrilamida. Se usa para separar muestras de proteínas en función de su tamaño. El dodecil sulfato de sodio es un detergente y se une a la molécula de proteína. Al unirse a la proteína, este detergente destruye la estructura secundaria y terciaria de la proteína y la convierte en una cadena lineal de polipéptidos. Este polipéptido lineal tiene una carga negativa y viaja hacia el ánodo cuando se somete a un campo eléctrico. Aquí la distancia recorrida por la molécula es inversamente proporcional al registro del peso molecular. También se usa para examinar muestras de ácido nucleico con bajo peso molecular.
Diferencias principales entre agarosa y poliacrilamida
- La agarosa no es tóxica y se usa ampliamente, pero la poliacrilamida se considera ligeramente tóxica y debe manejarse con precaución
- La azúcarosa es compleja y está compuesta por una mezcla de muchos químicos, mientras que la poliacrilamida está compuesta de un solo tipo de molécula.
- El gel de agarosa tiene poros más anchos, mientras que la poliacrilamida tiene poros relativamente más pequeños.
- La agarosa se usa principalmente en la electroforesis de los ácidos nucleicos, pero la poliacrilamida se usa en la PÁGINA SDS.
- El gel de agarosa se hace vertiendo el agar derretido en posición horizontal pero la poliacrilamida se vierte en posición vertical.
- La agarosa no utilizada se puede fundir y volver a verter, pero la poliacrilamida no se puede reutilizar.
- El bromuro de etidio es el tinte más utilizado para la agarosa, pero, para la poliacrilamida, el azul de bromofenol se usa principalmente.
Síntesis
La agarosa y la poliacrilamida son dos polímeros diferentes. Son químicamente diferentes. Aunque ambos se usan para electroforesis, se usan para dos propósitos diferentes. La agarosa tiene poros más grandes y se usa para separar moléculas de ácido nucleico más grandes como el ADN y el ARN. La poliacrilamida, por otro lado, tiene poros más pequeños y se usa para separar y cuantificar proteínas con un peso molecular menor.
Ambos compuestos tienen diferentes propósitos y son muy útiles en biología molecular. Además de la biología molecular, también se usan en muchos otros campos. Como estos geles ayudan a cuantificar el ácido nucleico y la proteína, tienen aplicaciones en medicina y ciencia forense.
- https://analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/elps.200900052
- https://books.google.com/books?hl=en&lr=&id=gcqgDwAAQBAJ&oi=fnd&pg=PA3&dq=agarose+and+polyacrylamide&ots=Ogv5EA2634&sig=G6o6XdHg-xSybJlVa-0Csq_tC7g
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